據中國科學院西雙版納熱帶植物園官方網站消息，該園聯合華南農業大學和北京腦科中心，收集了全球共享到 GISAID EpiFluTM 數據庫中覆蓋四大洲 12 個國家的 93 個新冠病毒樣本基因組數據 ( 截至 2 月 12 日 ) ，通過全基因組數據解析發現：武漢華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其它地方傳入。

　　93 個樣本包含 58 種單倍型，演化關系顯示，單倍型 H13 和 H38 是比較"古老的"單倍型，通過一個中間載體 ( mv1，可能是祖先單倍型，也可能是來自中間宿主或"零號病人" ) 與蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 關聯，并通過單倍型 H3 衍生出單倍型 H1。

　　研究人員稱，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是 H1 及其衍生單倍型 H2，H8-H12，而一份武漢樣品單倍型 H3 與華南海鮮市場無關。可見，華南海鮮市場的新冠病毒是從其它地方傳入，再在市場發生快速傳播并蔓延。另根據病患發病時間記錄和種群擴張時間推斷，也印證了華南海鮮市場不是病毒發源地的推論。

　　此外，研究人員對 H13 和 H38 的病毒樣品溯源發現，分別來自深圳的病患 ( 廣東首例 ) 和美國華盛頓州的病患 ( 美國首例 ) 。他們的旅行記錄表明都是 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初在武漢被感染。現有武漢樣本中沒有檢測到 H13 和 H38 單倍型。

　　研究還顯示，新冠病毒在 2 月 12 日前發生過 2 次明顯種群擴張：一次是 2019 年 12 月 8 日，該結果暗示病毒可能在 12 月初，甚至 11 月下旬已開始人際傳播，隨后在華南海鮮市場加快;另一次種群擴張發生在 1 月 6 日。

　　值得一提的是，為細分來源，研究人員將 58 種單倍型分成五組，包括 3 個古老超級傳播者單倍型 ( H1,H3 和 H13 ) 和 2 個新的超級傳播者單倍型 ( H56 和 mv2 ) 。以此鑒別出廣東的病毒可能有三個來源，重慶和臺灣的病毒有兩個來源。有較多樣本的澳大利亞、法國、日本和美國，患者感染源至少有兩個，尤其是美國包括了五個來源。特別值得關注的是 H56 這個超級傳播者單倍型，同時是澳大利亞、法國和美國以及中國臺灣患者的傳染源。

　　研究還表明，新冠病毒基因組沒有發生重組事件。